El municipi de Sant Joan les Fonts té un important llegat medieval. Primer de tot citarem el monestir benedictí de Sant Joan les Fonts, consagrat el 1117. Durant l’època medieval, i sota el domini de l’abadia de Sant Víctor de Marsella, n’ocupava les estances una comunitat de monjos. Al segle xv depenia del Monestir de Sant Pere de Besalú i des de finals del segle xv fins al xix es trobava sota el domini del monestir de Sant Pere de Camprodon. L’església del conjunt, l’únic que se’n conserva, va ser declarada monument nacional l’any 1981. Des del 2006 a l’interior es pot observar una rèplica de la majestat, una talla de fusta policromada del segle xii, l’original de la qual és al Museu d’Art de Girona. També trobem el Castell de Juvinyà, format per dues fases constructives: la torre del segle xii i la resta de casa del segle xiv. És un dels millors exemples conservats d’arquitectura civil d’època medieval a la Garrotxa. També conegut com a casa forta Estada de Juvinyà, va ser la residència de la família de cavallers que dóna nom a l’edifici. Segons les restes arqueològiques, sabem que al segle xiii en el lloc de la casa forta hi havia un molí fariner que es va cremar en un incendi. L’últim descendent de la família de cavallers va ser Gueraua de Juvinyà. A partir del segle xv, el castell va passar a mans de diferents famílies de pagesos, que van mantenir el nom originari, fins que l’edifici fou adquirit per l’ajuntament de Sant Joan les Fonts l’any 1982. El castell, declarat monument nacional l’any 1972, està totalment restaurat i acull el primer centre d’interpretació del territori de la comarca de la Garrotxa, un espai on es pot adquirir informació general sobre el fenomen volcànic, l’aprofitament hidràulic i l’època medieval. Al segon pis del castell hi ha una sala d’exposicions temporals on durant tot l’any s’ofereix una programació d’exposicions d’interès comarcal. A més, hi ha el pont medieval, la primera referència del qual és del segle xiii, tot i que el que es conserva és una reconstrucció del xv.
D’altra banda, en el municipi també podem visitar el conjunt format pel castell i l’església de Mont-Ros, actualment en ruïnes. També hi ha la torre de Canadell, una fortificació bastida durant les guerres carlines dins el terme del mas Canadell i situada a l’extrem de la serra de Vivers, i el pont de Cossei, un pont d’origen romànic situat sobre el riu Turonell, un afluent del Fluvià, i a prop de l’església de Santa Eulàlia de Begudà. Aquesta església romànica del segle xii està situada a l’interior del nucli de Begudà, enmig d’un conjunt de cases pairals.
